Antes de empezar

En este breve capítulo explicamos los aspectos básicos para que podáis reproducir los ejercicios y entregar las actividades utilizando R, Markdown y Rstudio. Aquí planteamos los conceptos básicos para preparar un documento que incluye explicaciónes, código y los resultados de análisis R. Se trata de una estratégia de programación literaria que en los últimos años está siendo cada vez más utilizada en el análisis de datos (Knuth 1984; Xie 2015).

0.1 Prerrequisitos

Para seguir las explicaciones de este curso será necesario instalar primero R y RStudio con los paquetes knitr y rmarkdown. A continuación mostramos la configuración general del sistema R utilizado.

sessionInfo()

## R version 4.0.2 (2020-06-22)
## Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
## Running under: Ubuntu 20.04 LTS
## 
## Matrix products: default
## BLAS/LAPACK: /usr/lib/x86_64-linux-gnu/openblas-pthread/libopenblasp-r0.3.8.so
## 
## locale:
##  [1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8       LC_NUMERIC=C              
##  [3] LC_TIME=en_US.UTF-8        LC_COLLATE=en_US.UTF-8    
##  [5] LC_MONETARY=en_US.UTF-8    LC_MESSAGES=C             
##  [7] LC_PAPER=en_US.UTF-8       LC_NAME=C                 
##  [9] LC_ADDRESS=C               LC_TELEPHONE=C            
## [11] LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C       
## 
## attached base packages:
## [1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     
## 
## other attached packages:
## [1] pander_0.6.3
## 
## loaded via a namespace (and not attached):
##  [1] compiler_4.0.2  magrittr_1.5    bookdown_0.21   htmltools_0.5.0
##  [5] tools_4.0.2     rstudioapi_0.11 yaml_2.2.1      Rcpp_1.0.5     
##  [9] stringi_1.5.3   rmarkdown_2.4   knitr_1.30      stringr_1.4.0  
## [13] digest_0.6.25   xfun_0.22       rlang_0.4.7     evaluate_0.14

0.2 Tipos de ficheros

Los archivos para producir documentos de RMarkdown tienen la extensión .Rmd.
Los archivos deben abrirse con RStudio y se compilan haciendo clic en el botón knitr.
El resultado es un documento en formato .pdf, .html o .doc.

0.3 Un ejemplo muy sencillo

Cread un fichero con el siguiente contenido

Hola, soy **R Markdown**

Aprende más sobre mi [aquí](http://rmarkdown.rstudio.com/).

al hacer clic en el botón knitr a HTML de Rstudio se crea un archivo .html con este contenido.

0.4 Estructura básica de un documento Markdown

Revisemos las partes más importantes del documento Rmd.

0.4.1 Cabecera

La cabecera está en la parte superior del documento dentro de estas dos líneas ---

---
title: "Write your title here"
author: "Write your name here"
date: "Write the date here"
output:
  pdf_document: default
  html_document: default
  word_document: default
---

En el encabezado del archivo debe escribir el título del documento, su nombre y la fecha. La declaración de salida se utiliza para la clase del documento final, pdf, htmlo doc. Para producir un PDF es necesario tener instalado un motor de LaTeX.

0.4.2 Insertar código R

A continuación, configuramos las opciones necesarias para imprimir el código R y la salida R en el documento final.

La primera línea es ocultar este fragmento de código en el documento final.

La segunda línea es para imprimir el código R y la salida R en el documento final.

0.4.3 Formatos de texto

El texto sin formato se escribe como en cualquier otro documento, como un documento de Word. Debe tener cuidado con las letras en cursiva o negrita y algunos caracteres especiales. Por ejemplo

Negrita: escriba el texto entre **Negrita** o __Negrita__
Cursiva: escriba su texto entre*cursiva* o _Italica_
Encabezados de sección

# Título 1
## Título 2
### Título 3

Cuantos más símbolos # escriba antes de su texto, menor será el tamaño de su título

Puede encontrar más información sobre cómo escribir en el siguiente archivo.

0.4.4 Generando el documento

Para compilar el archivo .Rmd y obtener su documento final, simplemente haga clic en el botón Knit y seleccione Knit a PDF para producir un archivo .pdf.

0.5 Ejercicio

Utilizando Rstudio, crea tu primer documento con Rmarkdown. El documento debe mostrar los metadatos básicos (título, autor y fecha), un título de primer nivel (por ejemplo, ‘Información de la sesión’) y un recuadro con la información básica de vuestra sesión de R.

Referencias

Knuth, D. E. 1984. “Literate Programming.” The Computer Journal 27 (2): 97–111. https://doi.org/10.1093/comjnl/27.2.97.

Xie, Yihui. 2015. Dynamic Documents with R and Knitr. 2nd ed. Boca Raton, Florida: Chapman; Hall/CRC. http://yihui.org/knitr/.

Técnicas cuantitativas